Table 3: Primer and probe sets used for qPCR.

Primer set Function Target group Rank Sequence (5’ –3’) References
ARC F. Primer Archaea DOMAIN ATTAG ATACC CSBGT AGTCC [7]
TaqMan AGGAA TTGGC GGGGG AGCAC
R. Primer GCCAT GCACC WCCTC T
MCL F. Primer Methanococcales ORDER TAAGG GCTGG GCAAG T [25]
TaqMan TAGCG GTGRA ATGYG TTGAT CC
R. Primer CACCT AGTYC GCARA GTTTA
MBL F. Primer Methanobacteriales ORDER CGWAG GGAAG CTGTT AAGT
TaqMan AGCAC CACAA CGCGT GGA
R. Primer TACCG TCGTC CACTC CTT
MMB F. Primer Methanomicrobiales ORDER ATCGR TACGG GTTGT GGG [7]
TaqMan TYCGA CAGTG AGGRA CGAAA GCTG
R. Primer CACCT AACGC RCATH GTTTA C
MSL F. Primer Methanosarcinales ORDER GTAAA CGATR YTCGC TAGGT
TaqMan AGGGA AGCCG TGAAG CGARC C
R. Primer GGTCC CCACA GWGTA CC
MSC F. Primer Methanosarcinaceae FAMILY GAAAC CGYGA TAAGG GGA
TaqMan TTAGC AAGGG CCGGG CAA
R. Primer TAGCG ARCAT CGTTT ACG
MST F. Primer Methanosaetaceae FAMILY TAATC CTYGA RGGAC CACCA
TaqMan ACGGC AAGGG ACGAA AGCTA GG
R. Primer CCTAC GGCAC CRACM AC