Table 3: Nucleotide sequence variations, predicted amino-acid changes and specific variations of PepMV Moroccan isolates. Capital letters indicate variants with an amino acid change, Lower-case letters indicate silent mutations, highlighted letters indicate Moroccan specific SNPs, S: silence; the asterisk (*) indicates specific PepMV-MA missense.

RdRp TGB 1 TGB2 TGB2-3 TGB3 CP
PepMV strains 2338 2386 2527 2548 3970 3987 4000 4001 4014 4018 4243 4256 4372 4484 4502 4557 4640 4743 4930 5220 5232 5310 5318 5332 5349 5395 5404 5452 5509 5638 5699 5710 5754 5785 5797 5827 5843 5968 6115 6145
CH2 C T T C T A C G C A C T G T T T T T A A T T A C T T A C T C A C A T T T G T T T
PES G - A - C - - - - T T - T C C - - - - - C G - T - - - A C - G - - G - - - - C A
EU G - C - - - T - - - T - T C A - - - - T C A - T - - - A - - G - - G - C - - - C
MA1 - - - - c - - - - - t - - - - - - - G - - c - - - - G - c T - - - - - - - C - -
MA2 t c - - - G t - - - - - a C a - - - - T c c - - - - - - - - - T - A C C T - C C
MA3 - - - - c - - - - - t - - - - - - - G - - c - - - - G - c T - - - - - - - C - -
MA4 t c - - - G t - - - - - a C - - - - - . . . - - - - - - - - - T - A C C T - C C
MA5 t c - - - G t - - - - - a C a - - - - . . . - - - - - - - - - T - A C C T - C C
MA6 t c - - - G t - - - - - a C - - - - - T c - - - - - - - - - - T - A C C T - C C
MA7 t c - - - G t - - - - - a C a - - - - . . - - - - - - - - - - T - A C C T - C C
MA8 - - - T - - - A G T t - - - a G c - - - - c - - C - - - - - - - T - - - - - - -
MA9 - - - - - - - A G T t - - - a - - - - - - c - - - C - - - - G - - - - - - - - -
MA10 - - - - - - - - - - t - a - - G c - - - - a G A - - - - - - - - - - - - - - - -
MA11 - - c - - - - - - - t G - - - - - C - - - - - - - - - T - - - - - - - - - - - -
MA12 - - c T - - - - - - t - - - a - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Amino acid changes S S S S S *K1301R S *G1306S *A1310G L1311F S *S1391A S S S *S44A S *Y106H *K168R S S S *H69R *L74I L5S *F95L S *Q114STOP S S S24G S  *K42M S  S  S  *A72S S S S